Speaker

Γρηγόρης Αμούτζιας

Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής στη Γενωμική - Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας

Πτυχίο στην Βιολογία, Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Μεταπτυχιακές σπουδές στην Βιοπληροφορική, Leeds University, UK. Διδακτορική διατριβή στην Βιοπληροφορική, University of Manchester, UK. Μεταδιδακτορικός ερευνητής στο University of Lausanne, Switzerland. Μεταδιδακτορικός υπότροφος του EMBO (long-term postdoctoral fellow) στο VIB/UGent, Belgium. Μεταδιδακτορικός ερευνητής στο University of Cambridge, UK. Από το 2010 είμαι μέλος ΔΕΠ (Επίκουρος Καθηγητής Βιοπληροφορικής στη Γενωμική) και από το 2015 ως διευθυντής του ερευνητικού εργαστηρίου Βιοπληροφορικής στο Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Ένα μεγάλο μέρος της ερευνητικής μου δραστηριότητας εστιάζει στην εξέλιξη της μετα-μεταφραστικής ρύθμισης των κυττάρων, όπως π.χ. στον διμερισμό των μεταγραφικών παραγόντων bZIP, bHLH και Πυρηνικών Υποδοχέων και στις μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις (όπως η φωσφορυλίωση και η μεθυλίωση) των αμινοξέων σε πρωτεΐνες. Ένα άλλο σημαντικό μέρος της ερευνητικής μου δραστηριότητας εστιάζει στην εξέλιξη και ανασυνδυασμό των ιών όπως και στον μεταβολισμό των μικροβίων.

Το θέμα της ομιλίας του...

Πρόβλεψη μετα-μεταφραστικών μοριακών διακοπτών και ρεοστατικών σε πρωτεΐνες

Οι πρόσφατες εξελίξεις στις πρωτεϊνωμικές διεργασίες υψηλής απόδοσης (HTP) έχουν αποκαλύψει την εμφάνιση και το αναδυόμενο κρίσιμο ρόλο της μεθυλίωσης πρωτεϊνών σε πολλές κυτταρικές διεργασίες καθώς και στον καρκίνο και άλλες ασθένειες. Οι προηγούμενες μελέτες χαμηλής απόδοσης που επικεντρώνονται στον κώδικα της ιστόνης και ιδιαίτερα οι πρόσφατες μελέτες με πρωτεόνο έχουν καθιερώσει έναν ισχυρό δεσμό μεταξύ των γειτονικών θέσεων μεθυλίωσης πρωτεϊνών και φωσφορυλίωσης που σχηματίζουν μοριακούς διακόπτες ή / και ρεοστάτες / συστάδες με ψηφιακό ή αναλογικό λειτουργικό αποτέλεσμα. Αν και υπάρχει πληθώρα υπολογιστικών εργαλείων για την πρόβλεψη θέσεων μεθυλίωσης ή φωσφορυλίωσης πρωτεϊνών, όλα εκπαιδεύονται σε περιορισμένου μεγέθους σύνολα δεδομένων και συχνά αμφισβητήσιμης ποιότητας. Επιπλέον, κανένα διαθέσιμο εργαλείο δεν συνδυάζει αυτές τις δύο προβλέψεις για να αναγνωρίσει μοριακούς διακόπτες και / ή ρεοστάτες / συστάδες σε επίπεδο πρωτεϊνών ή πρωτεόνου. Έχουμε βρει πάνω από 1000 papers για να ανακτήσουμε και να φιλτράρουμε αυστηρά πάνω από 200 διαθέσιμα στο κοινό φωσφορωμοσωμικά και μεθυλοπροθεομικά σύνολα δεδομένων από ποικίλα ευκαρυωτικά είδη (ανθρώπινα, ποντίκια, ζυμομύκητες, Arabidopsis και Toxoplasma gondii) προκειμένου να εκπαιδεύσουμε δύο νευρωνικά δίκτυα με Keras / Tensorflow. Αυτά τα δύο δίκτυα έχουν ενσωματωθεί σε ένα διακομιστή ιστού ο οποίος προβλέπει με ακρίβεια i) τις θέσεις μεθυλίωσης και / ή φωσφορυλίωσης σε ευκαρυώτες ii) τους μεταγωγείς φωσφομεθυλίου iii) τις συστάδες / ρεοστάτες που σχηματίζουν και iv) την περαιτέρω εμφάνισή τους γραφικά πάνω στην πρωτεΐνη. Ο Meth-Phos Prometheus μπορεί να αναλύσει το σύνολο των ζυμομυκήτων σε ~ 55 λεπτά.